На средства архиеп. Платона по проекту архит. Н. М. Одоевского в 1783 г. началось строительство уникального двухпрестольного храма, нижняя, пещерная, церковь к-рого 6 авг. 1785 г. была освящена в честь Воскрешения прав. Лазаря Четверодневного, верхняя церковь 6 авг. 1786 г. освящена в честь Преображения Господня. Необычный интерьер храма, спроектированный скульптором К. Песковым, иллюстрировал события Преображения Господня. Престол был устроен на покрытом цветами и травой искусственном возвышении, символизирующем гору Фавор. По обеим сторонам «горы» находились лестницы, ведущие к сев. и юж. дверям алтаря верхней церкви. Алтарь на вершине горы представлял собой сень с круглым позолоченным иконостасом, увенчанным куполом,- в воспоминание 3 сеней, к-рые пожелал устроить на месте Преображения ап. Петр. С правой стороны иконостаса в серебряной позолоченной ризе находилась икона Преображения Господня, с левой стороны - список с Купятицкой иконы Божией Матери, над царскими вратами - икона Спаса Эммануила. У сев. дверей в алтаре помещался образ Воскресения Христова, пещера и гроб Спасителя на этой иконе были выложены самоцветами работы уральских мастеров. Рядом находилось вырезанное из кости изображение поклонения волхвов Спасителю. У основания «горы» располагался вход в нижнюю Лазаревскую пещерную ц., у алтаря к-рой был положен огромный рог носорога и китовые позвонки. Одна из чтимых икон Лазаревской ц.- перламутровый образ Рождества Христова - была прислана митр. Платону Иерусалимским Патриархом Авраамием. По периметру Преображенского храма располагались хоры, опиравшиеся на колонны (в 1832 колонны были заменены железными кронштейнами). На хорах находились живописные изображения святых, в центре - икона Спасителя. Настенную роспись храма выполнил И. Никифоров. Впосл. по подобию Преображенского собора был возведен Троицкий храм в Стефановом Махрищском мон-ре и Преображенская ц. в с. Творишичи (ныне Жирятинского р-на Брянской обл.).
В 1786 г. из Успенского собора лавры в В. м. торжественно перенесли гроб прп. Сергия Радонежского, в к-ром до XVI в. хранились мощи святого. Гроб поместили в небольшой «пещерке» справа от алтаря Лазаревской ц. Для гроба по распоряжению митр. Платона был изготовлен медный футляр с посеребренной передней крышкой, на к-рой имелись чеканные изображения: явление Божией Матери прп. Сергию, Распятие с предстоящими ангелами и моление прп. Сергия с учениками.
Одновременно с Преображенским собором в В. м. были построены ограда с башнями и 2-ярусная колокольня (1786) над гл. входом, в юж. части мон-ря - двухэтажный деревянный дом для митр. Платона, отличавшийся изысканным и дорогим внутренним убранством; часть мебели была подарена архиеп. Платону супругой наследника Павла Петровича вел. кнг. Наталией Алексеевной и Г. А. Потёмкиным. В покоях действовала домовая ц. в честь Сошествия Св. Духа, стены к-рой были обложены мрамором, вместо иконостаса в храме стояла низкая резная с позолотой решетка и занавес голубого цвета, с вышитым на нем изображением Благовещения. По образцу Свято-Духовской ц. в архиерейских палатах Угрешского во имя свт. Николая Чудотворца мон-ря была устроена крестовая ц. прп. Сергия Радонежского (1870). В 80-х гг. XVIII в. в В. м. были также построены 2 братских корпуса, небольшой казначейский корпус, богадельня на 12 чел.; в юго-вост. углу устроен конный двор, в сев.-вост.- небольшой пруд и кладбище для почивших насельников лавры и В. м. На монастырских воротах помещались изображения евангельских событий и четверостишие: «В Вифанию Христос пришел и водворился тут: О если б Он и здесь покой нашел! Не тщетны б были кошт и труд». В 1786 г. был надстроен 3-й ярус колокольни. На строительство обители митр. Платон пожертвовал 10883 р., а также внес в гос. банк 20 тыс. р., на проценты от к-рых содержался мон-рь.
В 1787-1797 гг. В. м. именовался пустынью, из 6 насельников лишь иером. Феодорит имел священный сан, митр. Платон вспоминал, что он «сам клиросную должность правил». Митрополит неоднократно обращался к имп. Екатерине II Алексеевне с просьбой об увольнении его на покой с пребыванием в В. м., однако императрица отклоняла прошения.
24 апр. 1797 г. В. м. неожиданно посетил недавно коронованный имп. Павел I с семьей (Платон (Левшин) в 1763-1773 преподавал вел. кн. Павлу, а также его невесте вел. кнг. Наталии Закон Божий). Обитель настолько понравилась государю, что 1 мая 1797 г. он издал указ о возведении пустыни во второклассный мон-рь, приписной к ТСЛ, и об учреждении при нем Вифанской ДС для 100 учащихся. В. м. получил штат монашествующих и ежегодное жалованье в размере 2633 р. 80 к., на пищу и одежду насельникам отпускалось еще 340 р. в год. Император пожаловал В. м. 533 дес. и 236 кв. сажень близлежащих земель, а также часть земли, принадлежавшей Махрищскому мон-рю, с 1801 г. В. м. получал также доходы с 3 мельниц, к-рые обитель сдавала в аренду. В память о посещении Вифании императором митр. Платон устроил у входа в свои покои обелиск. В 1804 г. в мон-ре жили 8 насельников.
Митр. Платон, скончавшийся в нояб. 1812 г., по завещанию был погребен в Лазаревской ц. рядом с гробом прп. Сергия. Над гробницей под стеклом хранились его митра, дикирий и трикирий, справа от гробницы - полное облачение, слева - белый клобук, мантия и посох. У гроба иерарха ежедневно совершались панихиды, были отмечены случаи исцелений, по верованиям окрестных крестьян, митр. Платон особенно помогал больным детям. О посмертном явлении митр. Платона в храме В. м. рассказывал прп. Антоний (Медведев) прп. Моисею (Путилову) в окт. 1839 г. (РГБ ОР. Ф. 214. № 359-360).
После кончины основателя В. м. стал небольшой обителью, существование к-рой в 1-й пол. XIX в. было связано прежде всего с Вифанской семинарией; в документах мон-рь именовался «училищным». В мон-ре в 1824 г. жили 8 иноков, в 1828 г.- 11, в 1839 г.- 14, в 1860 г.- 37 насельников. В 30-х гг. XIX в. была перестроена Лазаревская ц., в результате сильно изменился облик Преображенского собора («Не могу я забыть, как жестоко испортили вифанскую церковь»,- писал свт. Филарет (Дроздов) наместнику лавры архим. Афанасию (Фёдорову)); в 1832 г. завершилось строительство неудачного в архитектурном отношении казначейского корпуса. В 1860-1863 гг. на средства свт. Филарета, купца Г. А. Красногорова и др. жертвователей шло сооружение нового 2-этажного собора. В нижнем храме в 1863 г. были освящены 3 престола: в честь Тихвинской иконы Божией Матери, во имя арх. Михаила и во имя мучеников Платона и Романа. 28 июля 1866 г. свт. Филарет освятил в верхнем храме главный престол в честь Сошествия Св. Духа на апостолов (домовая Свято-Духовская ц. митр. Платона к сер. XIX в. была упразднена), в верхнем храме находился также придел во имя свт. Николая. Одновременно шла перестройка покоев митр. Платона, в 1867 г. была восстановлена домовая церковь, освященная в честь Нерукотворного образа Спасителя. В 1893 г. близ мон-ря по проекту архит. А. А. Латкова построили трехэтажную гостиницу, в 1903-1905 гг.- новую каменную ограду. Обитель владела 37 дес. земли, кирпичным заводом, занималась строительством домов, к-рые продавала или сдавала в аренду. В нач. XX в. в В. м. жили 23 насельника.
В ризнице, находившейся в пристройке к алтарю Лазаревского храма, хранилось множество вкладов в обитель, в т. ч. пожертвованные митр. Платоном серебряные с позолотой, хрустальные и фарфоровые богослужебные сосуды, пожертвованные свт. Филаретом серебряные богослужебные сосуды, облачение из белого флера - вклад имп. Марии Феодоровны. Одна из достопримечательностей ризницы - большое серебряное с позолотой блюдо, поднесенное московским купечеством вел. кн. Павлу Петровичу и вел. кнг. Наталии Алексеевне в день их бракосочетания и впосл. пожертвованное ими архиеп. Платону. В кон. XIX- нач. XX в. В. м. посещали В. В. Розанов, К. Н. Леонтьев, М. М. Пришвин, И. С. Шмелёв, А. Н. Муравьёв, С. И. Танеев. В 1888 г. М. В. Нестеров работал здесь над картиной «Пустынник».
В 1918 г. В. м. был обращен в трудовую артель во главе с игум. Илиодором, в к-рой вместе с иноками трудились крестьяне ближайших деревень. Впосл. монахи были разогнаны и, вероятно, жили в Сергиеве. Хранившийся в В. м. гроб прп. Сергия вместе с медным футляром был передан Загорскому музею (совр. СПМЗ), в 1950 г. возвращен Церкви, в наст. время находится в Успенском соборе лавры. Богослужения в храмах В. м. совершались до 1929 г. С. М. Голицын в воспоминаниях рассказывает, что в 20-х гг. в одной из келий мон-ря жил старец Валериан, принимавший посетителей. По нек-рым сведениям, прп. Никона (Беляева) перед кончиной причащал сосланный в Северный край вифанский игум. Паисий.
Во 2-й пол. 20-х гг. в храмах В. м. были устроены мастерские, в корпусах - детский и инвалидный дома.
Живший в Сергиеве Пришвин записал в дневнике 11 июня 1926 г.: «Имя Каляева между отцами Церкви на воротах Вифанского скита, населенного инвалидами труда. Тут ад: старухи за версту обходят здание... Это ад на месте райском». С нач. 30-х гг. на территории мон-ря находился птицекомбинат, с 1937 г.- Птицеинститут (впосл. Всесоюзный научно-исследовательский и технологический ин-т птицеводства), поселок вокруг мон-ря стал именоваться Птицеградом. В 30-80-х гг. было разрушено большинство монастырских построек, в т. ч. уникальный Преображенский собор, на месте к-рого предполагалось поставить памятник В. И. Ленину. Захоронения лаврской братии были уничтожены, вместо кладбища устроена детская площадка и футбольное поле. Часть надгробных плит использовалась при постройке моста через пруд.
В 1997 г. останки митр. Платона были перезахоронены в склепе Свято-Духовской ц. ТСЛ. В 1998 г. лавре в В. м. были переданы 2-й этаж полуразрушенного Свято-Духовского храма, здание монастырской гостиницы, нек-рые здания семинарии. В. м. восстанавливается трудами настоятеля иером. Даниила (Михайлова) и 5 трудников. На 2-м этаже Свято-Духовского собора освящен придел во имя свт. Николая Чудотворца, в к-ром в праздничные и воскресные дни совершаются богослужения. В храме хранится чтимый список XIX в. с иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость (с грошиками)».